SNPsデータについてのお知らせとお願い
令和 2年 7月 17日
弘前大学 COI 関係者各位
COI データ管理委員会 委員長 中路 重之
岩木健康増進プロジェクト・プロジェクト健診
SNPsデータについてのお知らせとお願い
平素より、弘前大学COIの活動にご協力いただき誠に有り難うございます。
本日はSNPsデータ解析についてお知らせとお願いがございます。
岩木健康増進プロジェクト・プロジェクト健診のSNPsデータは、弘前大学COI開始後、2014年を基軸に翌年から新規ゲノム解析対象者の genotyping を順次追加していく方法で実施しております。2014年～2017年までは Japonica array で genotyping しており（Imputation data あり）、基本的にはこのデータをデータ解析申請書に基づき、COIデータ管理員会で承認後、個人識別符号にならないように 39SNPs 以下で皆様に提供しております。
なお、2018年と2019年に新規のゲノム解析対象者（2018年 133名、2019年 127名）の遺伝子解析は未着手です。ただし、2018年2019年健診受診者のうち2014年～2017年の間で同意をされた健診受診者であれば Japonica array データを用いての genotyping は可能なためそのような形での SNPsデータの提供は行うこととし、現在一時停止となっているSNPsデータの提供はこのお知らせをもって再開したいと思います。
また、解析をするにあたって注意していただきたいことは、2018年と2019年のSNPsデータを用いた解析をする場合、genotyping をしていない方のデータを除くことによるデータ の質の低下が懸念されます。およそ130検体ほどを除くことによるバイアスが考えられますし130検体をこのような理由（つまり解析すべきサンプルは存在しているのに解析していないで除くことは科学的に正当な理由であると認められない可能性があります。そのため、結果を発表する際には、助言を受けている生物統計の先生と十分に相談の上、データの解析・公表を進めていただくよう、厳にお願いいたします。